黄龙派初祖──黄龙慧南大师，是宋代信州玉山（江西）人氏，俗姓章，从小个性就很沉静，如同大人一般，从不沾荤食，也不与一般孩童一样喜欢玩闹嬉戏。十一岁时跟随怀玉定水院智銮法师出家。曾在与智銮禅师出外化缘的路途中，经过村庄的庙会，因见村人杀生祭祀，慈悲心起，而私下捣毁祠庙里的供品并放走将被宰杀的牛。十九岁时受具足戒，并于二十三岁开始游学参方。
　　
　　大师曾经参庐山归宗寺自宝禅师（云门派），在其门下住了半年多。自宝禅师在堂上说法时，慧南禅师身斜靠着墙，自宝禅师多看了他几眼，从此慧南禅师对自己行住坐卧的细行都很注意，坐必结跏趺，行必直视前方，深具大将之风。后来禅师又到栖贤寺参澄諟禅师（法眼宗），澄諟禅师在日常生活中的一切行为举止都不违法度，把禅的最高原则融会在日常生活的点点滴滴。慧南禅师在这里参学三年后，又再参三角山怀澄禅师，并随怀澄禅师移居到泐潭，且受到怀澄禅师分座说法的礼遇。
　　
　　在这里，他遇到了南昌文悦禅师，文悦禅师认为慧南禅师将来一定可以成为佛门的龙象，于是利用机会提点他，要他去参临济宗的第六代正宗传人石霜楚圆禅师（又称慈明禅师），于佛法的体悟必定大有帮助。
　　
　　路途中，禅师遇到由石霜山来的僧人，因为不能领略楚圆的宗风，说到楚圆常常轻慢前来参学的学人，引起了禅师的疑心，所以就在半途改道，前往南岳福严寺。在福严任书记一职，过了半年，本想离开福严再度参方，正巧楚圆禅师要来接任福严寺住持，便决定留下来，看看石霜楚圆禅师到底是什么样的人。
　　
　　楚圆到了福严寺，每次上堂说法，总是说没两句就开始骂人，对许多大丛林的长老都有鄙薄之意，连怀澄禅师的开示，也都被他当作邪解，严加诃斥。慧南禅师对此感到气愤不平，但回想文悦禅师的话，想到心中的疑惑要自己来解开，因此决定直接向楚圆禅师请法。
　　
　　楚圆原以为慧南的声名远播，必定于佛法有所领悟，因此问了慧南一个云门宗的公案──「洞山守初在参云门文偃禅师时，云门禅师要打他三顿棒，这三顿棒是该打？还是不该打？」慧南禅师曾经参过这段公案，因此毫不迟疑地回答：「该打」。楚圆禅师听了他的话，神情严肃地说：「听了说打三顿棒，就是挨棒。那么你从早到晚，听虫鸣鸟叫、钟鼓木鱼打板之声，也应该要挨棒，那么你挨棒要挨到何时呢？」慧南禅师瞠目结舌，回答不出来。楚圆禅师说：「我一开始以为当不了你的老师，现在看来，当之无愧。还不拜下。」慧南闻言赶紧顶礼拜下。楚圆禅师又讲了一段公案：「赵州禅师说他勘破了五台山的婆子，赵州到底从什么地方勘破她了呢？」慧南被问得哑口无言，汗如雨下，无法回答而退出方丈室。
　　
　　隔天，慧南进入方丈室请求开示，又被痛骂一顿，慧南惭愧地说：「就是因为疑团无法解开，所以再来请求和尚开示。骂人难道是和尚慈悲接引的方式吗？」楚圆笑着回答他：「这就是骂吗？」慧南当下有所契悟，大声说道：「泐潭真的是以死语在接引学人。」并作出一首偈子呈上──「杰出丛林是赵州，老婆勘处没来由；而今四海清如镜，行人莫以路为雠。」楚圆禅师看了后，以手指着「没」字并看着慧南，慧南更改成「有」字，心中更加地佩服楚圆禅师，又住了一个多月之后才离开，这一年慧南禅师三十五岁。
　　
　　后来，禅师到了同安崇胜禅院接任住持（一○四四年），并于第一次升座开堂说法时，宣布自己师承于湖南楚圆禅师，从此，泐潭怀澄禅师及其徒众，与慧南之间的关系就此断绝了。在同安两年之后，禅师又被请至庐山归宗寺担任住持（一○四六年）。
　　
　　在归宗寺住持时，遭遇了火难，禅师因此被关进县衙，官吏们百般编排罪名，欲将他治罪。禅师深怕连累其它人，一一承认，不作任何辩解，将责任揽在自己身上。禅师被关押在狱中两个月，六十天都没有进食。出狱后，他终生对于在狱中所遭受到的磨难，只字未提。八年后，又移往宜丰黄檗山（一○五四年），最后几年住持于江西修水义宁黄龙山。
　　
　　慧南禅师接引学人的手法，不用死板的言语，也不像临济宗的末流滥用棒喝，而是充分酝酿疑情，将学人的思维推上绝路，再伺机推一掌，使其大疑大悟。曾有人问禅师这么做的用意，禅师回答：「父严则子孝。今日之训，后日之范也。譬诸地尔，隆者下之，洼者平之。彼将登于千仞之上，吾亦与之俱；困而极于九渊之下，吾亦与之俱。伎之穷，则妄尽而自释也。」
　　
　　每当有学人请法时，禅师总是先问：「我手何似佛手？」接着再问：「我脚何似驴脚？」最后再问：「人人都有生缘，你的生缘在哪里？」以此三语来试探学人，挑起学人最深沉的疑情，疑之至极，令其困极而通，触机开悟。这就是著名的「黄龙三关」。禅师说，如此检验学人，「已过关者掉臂径自而去，安知有关捩；从捩问可否，此未透关者也。」
　　
　　禅师尝自言：「黄龙出世，时当末运，击将颓之法鼓，整已坠之玄纲。」禅师开创的这一派别，被称为黄龙派，与同门师兄杨岐方会开创的杨岐派，和临济、沩仰、曹洞、云门、法眼，合称为禅门的「五家七宗」。
　　
　　黄龙慧南禅师法席昌盛，媲美马祖、百丈及大智禅师。黄龙禅师在熙宁二年三月十六日上堂辞众说道：「山僧才轻德薄，如何能够作为人师？由于不迷昧本心，不欺诳诸圣，而能解脱生死，得到自在。所以大觉世尊在燃灯佛那里，没有得到一法；六祖半夜在黄梅那儿，又传到了什么？」接着说偈：「得不得传不传，归根得旨复何言；忆得首山曾漏泄，新妇骑驴阿家牵。」十七日，于寝室内结跏趺坐，在大众环拥之下圆寂，世寿六十八岁，戒腊五十年。大观四年春天，皇帝敕谥
　　
　　禅师圆寂后，弟子建塔于黄龙，世称黄龙慧南。门下得法弟子八十三人，以晦堂祖心（又称黄龙晦堂）、宝峰克文、东林常聪最为著名。